जैश-ए-मोहम्मद की ताकत का प्रतीक सबसे बड़े ढांचे में से एक, जो बहावलपुर का मुख्यालय था, पर इतना बुरा असर पड़ा कि वह ढांचा अब मौजूद ही नहीं है. इस हमले ने संगठन के गौरव को ठेस पहुंचाई है, और यह इस बात का संकेत है कि पाकिस्तान में भारतीय सशस्त्र बलों की पहुंच से बाहर कुछ भी नहीं है.
ऑपरेशन के बाद, अजहर ने कहा कि उसके परिवार के दस सदस्य और उसके चार सहयोगी मारे गए. ये लोग बहावलपुर स्थित जामिया मस्जिद सुभान अल्लाह में मौजूद थे, जो जैश-ए-मोहम्मद का मुख्यालय भी है. अजहर के हवाले से जारी एक बयान में कहा गया है कि हमले में पांच मासूम बच्चे, उसकी बड़ी बहन और उसका पति मारे गए. हालांकि उसने दावा किया कि उसे न तो कोई अफसोस है और न ही निराशा, लेकिन यह बयान सच से कोसों दूर है. अजहर की ओर से संवादहीनता से उसके कार्यकर्ता और संगठन के अन्य सदस्य चिंतित हैं. इन घटनाक्रमों के कारण, भर्ती में भारी गिरावट आई है. जैश-ए-मुहम्मद के पास इस समय अजहर की जगह लेने वाला कोई नहीं है.
आईएसआई ने पहले उसे अफगानिस्तान भेजने की कोशिश की थी, लेकिन उसे यह प्रस्ताव बहुत जोखिम भरा लगा. इसके अलावा, आईएसआई और तालिबान के बीच इस समय अच्छे संबंध नहीं हैं क्योंकि आईएसआई ने तालिबान पर तहरीक-ए-तालिबान का समर्थन करने का आरोप लगाया है. इसके बाद आईएसआई ने उसे सेना द्वारा संरक्षित क्षेत्र के पास ले जाने का फैसला किया.
जैश-ए-मोहम्मद पर कड़ी नजर रखने वाले सुरक्षा अधिकारियों का कहना है कि अजहर वापसी करेगा, लेकिन इस बार इसमें ज्यादा समय लगेगा, क्योंकि इससे एक निजी नुकसान जुड़ा है. पाकिस्तानी सेना और आईएसआई उसकी सुरक्षा करते रहेंगे क्योंकि वह अभी भी उनकी सबसे मूल्यवान संपत्ति है. अजहर के बिना, जैश-ए-मोहम्मद लगभग खत्म हो चुका है. लश्कर-ए-तैयबा प्रमुख हाफिज सईद के बाद वह उनका सबसे ताकतवर प्रतिनिधि है, और आईएसआई उसे किसी भी कीमत पर खोना नहीं चाहेगी. फिलहाल, वह सेना और आईएसआई की सुरक्षा में है. भारतीय एजेंसियां उस पर कड़ी नजर रख रही हैं क्योंकि उन्हें इस बात में कोई संदेह नहीं है कि देर-सवेर वह फिर से सक्रिय हो जाएगा.
